恒温培养摇床温度对发酵的影响是多方面的，微生物发酵即是指利用微生物，在适宜的条件下，将原料经过特定的代谢途径转化为人类所需要的产物的过程。微生物发酵生产水平主要取决于菌种本身的遗传特性和培养条件。
一般来说影响菌类的产量的条件有：碳源、pH和培养时间、发酵温度，摇床转速振幅等。其中碳源PH值等因素靠培养基来决定，发酵温度和摇床转速振幅就需要恒温培养摇床来实现了。
1、温度对发酵产生的孢数和活菌数有十分显著的影响。微生物一般的存活温度在20到35摄氏度，过高过低的温度都会导致菌类失活，甚至死亡。从酶反应动力学来看，温度升高，反应速度加大，生长代谢加快，产物生成提前。但是，温度愈高酶失活愈快，菌体易于衰老，影响产物的生成。
2、同一菌类生长和积累代谢产物所需的温度也不同。比如，适合青霉素产生菌生长的温度为30℃，而产生青霉素的适温度为25℃。黑曲霉生长温度为37℃，产生糖化酶和柠檬酸时都在32～34℃。这就需要根据生产所需产物的不同来调节温度，以及在生产的不同阶段设定不同的温度。
3、温度还能影响酶系组成及酶的特性。例如55℃恒温培养摇床所产生的酶在90℃保持60min，其剩余活性为88%～99%;在35℃培养所产生的酶，经相同条件处理，剩余活性仅有6%-10%。
4、不同的温度对菌类产生的代谢产物也有不同的影响。如利用金霉素链霉菌NRRLB-1287进行四环素发酵，当发酵温度设置在30℃以下，会导致金霉素合成增多。当我们提高发酵温度时，则有利于四环素的合成。在35℃时，金霉素链霉菌只产出四环素，几乎停止合成金霉素。
5、温度还会影响发酵液的物理性质，如发酵液的黏度、基质和氧在发酵液中的溶解度和传递速率、某些基质的分解和吸收速率等。发酵温度通过对上述条件的影响，从而影响发酵的动力学特性和产物的生物合成。
因此，在发酵过程中需要维持适当的温度，才能使菌体生长和代谢产物的合成顺利进行。在选择恒温培养摇床时，对温度的精确控制就成为选择的重要参数之一。
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